La molécule d'insuline est constituée de deux chaînes (il s'agit du fichier 2HIU de la Protein Data Bank, simplifié, car il représente à l'origine 12 chaînes complexées : les molécules d'insuline s'associent souvent en complexes de 4 à 12 chaînes).

Entrez la commande dans le champ de saisie ci-dessous et pressez la touche "Entrée", ou cliquez sur le bouton "Validation" (vous pouvez placer plusieurs commandes à la suite, si vous les séparez par des points-virgules). Alternativement, vous pouvez utiliser la console de l'applet (la console se déplace dans cette fenêtre en la saisissant par sa barre supérieure).

N'hésitez pas à faire tourner la molécule en cliquant et en glissant le curseur souris, à zoomer en appuyant sur majuscule et glissant le cuseur souris de bas en haut ou en utilisant la molette de défilement de la souris.

Aide sur le langage de commande.

Dans le didacticiel affiché sous le champ de saisie, les suggestions de commandes sont affichées dans la colonne de gauche, et il est important de les exécuter dans l'ordre ! cliquer sur le lien Editer place les commandes dans le champ de saisie; cliquer sur le lien exécution directe les exécute immédiatement; essayez de faire appel le moins possible à ces liens si vous voulez apprendre les commandes.

Commandes
wireframe off backbone 0.3 color shapely	Bien que la chaine d'acides aminés constituant l'insuline ne soit pas déroulée, cette représentation est la plus proche de ce qui peut être appelé structure primaire (c'est à dire la séquence d'acides aminés). Editer les commandes. Sont en rouge : ASP, GLU, en jaune : CYS, MET, en bleu : LYS, ARG, en orange : SER, THR, en gris-bleu : PHE, TYR, en cyan : ASN, GLN, en gris clair : GLY, en vert : LEU, VAL, ILE, en gris foncé : ALA, en magenta : TRP, en bleu pâle : HIS, couleur chair : PRO.
show sequence	La séquence s'affiche dans la fenêtre de commande de Rasmol Pour voir le résultat de cette commande dans JSmol, il faut d'abord ouvrir la console en utilisant le lien. Vous verrez s'afficher: GLY ILE VAL GLU GLN CYS CYS THR SER ILE CYS SER LEU TYR GLN LEU GLU ASN TYR CYS ASN et PHE VAL ASN GLN HIS LEU CYS GLY SER HIS LEU VAL GLU ALA LEU TYR LEU VAL CYS GLY GLU ARG GLY PHE PHE TYR THR PRO LYS THR
sans la console: select _N label %[group]	On sélectionne les atomes d'azote (car il n'y en a qu'un par acide aminé) et on restreint le nom au groupe (l'acide aminé); ceci affichera les noms des acides aminés: Editer les commandes.
select all label off backbone off cartoon on color structure	La structure secondaire de la molécule apparaît : en raison des propriétés de la liaison peptidique, le squelette de la molécule dessine le plus souvent une hélice (cette hélice α est en rose). Editer les commandes. Combien d'hélices pour la chaîne A ? pour la chaîne B ?
cartoon off color grey dots on	L'espace occupé par la molécule et sa forme globale constitue la structure tertiaire. Comme la plupart des protéines, l'insuline est globuleuse (patientez, ce script demande beaucoup de calculs). Editer les commandes.
backbone 0.3 color chain	Cette coloration met en évidence les chaines d'acides aminés constituant la protéine. Editer les commandes. Mais comment les chaines sont-elles associées ?
dots off backbone 0.3 select cys color cpk wireframe on spacefill 0.8	Les atomes des acides aminés cystéine sont grossis rapport au reste de la molécule (sauf les hydrogènes non représentés); chaque cysténine a pour particularité de posséder un atome de soufre (ici coloré en jaune). Editer les commandes. Comment sont-ils disposés ?
set ssbonds sidechain ssbonds 0.4	Afficher les liaisons faibles entre atomes de soufre.
ssbonds off	Masquer les liaisons faibles entre atomes de soufre.
select all backbone off spacefill off cartoon off wireframe 0.1 color cpk	Réinitialiser l'affichage.

Références