N'hésitez pas à faire tourner la molécule (cliquez et glissez le curseur souris), à zoomer (appuyez sur majuscule et glissez le curseur souris de bas en haut ou utilisez la molette de défilement).

Vue: classique

wireframe (bâtons)

spacefill (sphères)

dots (nuages de poinst) (Off / On)

 

Soyez patient avec les grosses molécules...

qualité d'image

Enregistrer le fichier (pour les fichiers proposés et chargés depuis le serveur didac-tic.fr).

Les secrétines  ↑

Le glucagon ↑

Si la molécule n'est pas déjà chargée, vous pouvez cliquer ici.

cartoon (effigie) (Off / On)

 

Cartoon met en évidence l'hélice α . La cohérence de la visualisation demande de régler spacefill et surtout wireframe à 0 et s'associe bien avec color structure.

color cpk (Corey / Pauling / Kultun) est la coloration par défaut, ce qui donne: C H N O S P
color structure colorie différement les hélices α (colorées en magenta), les parties rubanées (colorées en jaune et les autres éléments d'une chaine protéique (en blanc).
color amino colorie différement chaque type d'acide aminé.

show sequence affiche la séquence (par défaut dans la console, ici dans une fenêtre d'alerte).

La secrétine ↑

Chargez le fichier représentant la sécrétine humaine et réutilisez les commandes vues précédemment.

Growth hormone–releasing factor (GHRF ou GHRH ou Somatolibérine) ↑

Chargez le modèle de l'hormone de libération de l'hormone de croissance et réutilisez les commandes vues précédemment.

Evolution des secrétines ↑

S'il n'est pas déjà affiché chargez le glucagon; ajoutez le modèle de la secrétine; ajoutez encore la somatolibérine.

Ou chargez tout.

Toutefois après cette commande, vous ne voyez que le premier modèle chargé: frame 1.1 affiche le premier modèle chargé, frame 2.1 affiche le deuxième modèle chargé, , frame 3.1 affiche le troisième modèle chargé, frame all les affiche tous. frame 1.1, 2.1, 3.1 aurait donné le même résultat.

Vous pouvez utiliser toutes les commandes précédentes, toutefois, la commande backbone peut aider à distinguer des molécules positionnées très proches les unes des autres (n'hésitez pas à zoomer) et la coloration par type d'acide aminé est intéressante pour une comparaison.

backbone (squelette)
La cohérence de la visualisation demande de régler spacefill et surtout wireframe à 0 pour accompagner au mieux la commande backbone.

Les hormones et leur récepteur ↑

Chargez le modèle de la somatolibérine et de son récepteur.

La coloration par chaine: color chain et l'affichage du squelette par le sélecteur backbone vu plus haut sont ici intéressantes.

display *:p; limite l'affichage à la chaine "p" (somatolibérine ou GHRF); il est annulable par display all;

display not *:p; affiche le récepteur sans l'hormone.

Ce récepteur appartient à une vaste famille de récepteurs transmembranaires (récepteur de la calcitonine, du glucagon, de l'hormone parathyroïdienne, de la secrétine, etc.). C'est la chaine r du récepteur (display *:r, *:p), formant 7 hélices qui traverse la membrane cellulaire et accueille l'hormone (du côté extracellulaire).

Bibliographie