Les logiciels de comparaison de séquences
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Les formats de fichiers sont généralement simples et facilement convertibles d'un standard à un autre.
1 Les logiciels
1.1 Coup de coeur : Jalview
Un logiciel libre en Java (donc multiplateforme) qui fait tout ce dont vous aviez révé. Plus de détails bientôt ici même.
1.2 Clustal X
Clustal X utilise une fenêtre unique et utilise un code de couleur (configurable) pour chaque acide aminé mettant en relief les caractéristiques conservées dans l'alignement. Outre les séquences alignées, le logiciel produit des arbres phylogénétiques affichables avec divers logiciels dont Tree View. Une documentation (actuellement minimaliste) pour utiliser Clustal X.
Il est facile de modifier les fichiers Séquaid (INRP) ou Anagène (CNDP) dans un éditeur de texte pour permettre leur lecture par Clustal X. Phylogène utilise les mêmes formats que Clustal X. Les alignements sont d'ailleurs réalisés grâce à une version (malheureusement ancienne)1 de Clustal X installé en même temps que Phylogène.
Copie d'écran (Windows)
Il est facile de modifier les fichiers Séquaid (INRP) ou Anagène (CNDP) dans un éditeur de texte pour permettre leur lecture par Clustal X. Phylogène utilise les mêmes formats que Clustal X. Les alignements sont d'ailleurs réalisés grâce à une version (malheureusement ancienne)1 de Clustal X installé en même temps que Phylogène.

www.clustal.org (en anglais)
Thompson J.D. Gibson T.J. Plewniak F. Jeanmougin F. Higgins D.G.. 2003. ClustalX (www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html) page disparue.
téléchargement ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/clustalw2
(1) Remplacer cette version par une plus récente comme la 1.83 ne semble pas poser problème.
Thompson J.D. Gibson T.J. Plewniak F. Jeanmougin F. Higgins D.G.. 2003. ClustalX (www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html) page disparue.
téléchargement ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/clustalw2
(1) Remplacer cette version par une plus récente comme la 1.83 ne semble pas poser problème.